Нашу беседу с G-Man прерывают вортигонты, которые спасают Аликс, а самого G-Man прогоняют. Но тот обещает вернуться.

После чудесного спасения нам в компании с Аликс предстоит задержать взрыв Цитадели и попытаться спастись из города вместе с остатками повстанцев и мирных жителей. По пути к спасению мы узнаем, что взрыв башни Брина привел к изоляции сил Альянса от родного мира, а взрыв Цитадели инициирован самим Альянсом с целью высвободить достаточно энергии для восстановления связи.

Нам придется встретиться как с новыми врагами, так и со старыми друзьями - дружище Барни как всегда приветлив, а верная Аликс сопровождает нас на протяжении всего эпизода, оказывая нам неоценимую помощь. Финал игры, как обычно, оставляет больше вопросов, чем ответов. Но оно и к лучшему